Если вернуться к истокам развития криминалистики, то прообразом первого экспертного учреждения можно считать бюро идентификации, которое создавалось по образцу парижского бюро идентификации Бертильона, а позднее формировались полицейские лаборатории.

В России первое криминалистическое экспертное учреждение было создано Е. Ф. Буринским в 1889 г. в Санкт-Петербурге, а в 1892 г. по распоряжению Министерства юстиции была организована судебно-фотографическая лаборатория.

Потребности правоохранительных органов в использовании специальных познаний в процессе расследования обусловили необходимость создания таких учреждений в большинстве городов России. Появляются так называемые кабинеты научно-судебной экспертизы, которые позже преобразованы в институты научно-судебной экспертизы.

После Великой Отечественной войны институты вновь претерпевают изменения и получают новое название – научно-исследовательские криминалистические лаборатории. В 1944 г. организована Центральная криминалистическая лаборатория при МЮ СССР, на базе которой создается Центральный НИИ судебных экспертиз. Это главное экспертное учреждение, возглавляющее систему экспертных учреждений Министерства юстиции. Сейчас это Российский федеральный центр судебной экспертизы при Министерстве юстиции Российской Федерации. В систему, возглавляемую РФЦСЭ, входит примерно 60 центральных, республиканских, областных лабораторий. Наряду с экспертными учреждениями при Министерстве юстиции действует система криминалистических учреждений органов внутренних дел. Во главе иерархии этой системы стрит Экспертно-криминалистический центр МВД России, созданный в 1992 г. В его подчинение входят экспертно-криминалистические управления, отделы, отделения и лаборатории.