Иван IV Грозный вступил на престол трехлетним мальчиком (1533). Семнадцатилетним юношей (1547), впервые в русской истории венчавшись на царство, он начал править самостоятельно. В июне того же года грандиозный пожар спалил едва ли не всю Москву; восставшие горожане явились к царю в село Воробьеве с требованием покарать виновных. «Страх вошел в душу мою и трепет в кости мои», — писал позднее Иван. Между тем от царя многого ждали: годы его малолетства, особенно после смерти матери, Елены Глинской, прошли в тяжкой атмосфере вражды боярских группировок, заговорен и тайных убийств. Жизнь поставила перед ним сложные задачи. Процесс создания единого Российского государства в основном завершился. Необходимо было его централизовать — создать единую систему центральных и местных органов управления, утвердить единое законодательство и суд, войско и налоги, преодолеть унаследованные от прошлого различия между отдельными районами страны. Предстояло осуществить важные внешнеполитические мероприятия, направленные на обеспечение безопасности южных, восточных и западных рубежей России.
Первый период царствования Ивана IV — до конца 50-х гг. — прошел под знаком деятельности Избранной рады, кружка ближайших советников и единомышленников царя: костромского помещика А. Адашева, князя А. Курбского, митрополита Макария, протопопа Сильвестра, дьяка И. Висковатого и др. Направление преобразований определялось стремлением к централизации, а их дух — созывом в 1549 г. первого в русской истории органа представительства различных социальных слоев (боярства, духовенства, дворянства, служилых людей и др.) — Земского собора. Собор 1549 г. историки называют «собором примирения»: бояре клялись подчиняться во всем царю, царь обещал забыть прежние обиды. До конца 50-х гг. были осуществлены следующие реформы: принят новый Судебник (1550), призванный стать основой единой правовой системы в стране; отменены кормления (порядок, при котором бояре-наместники жили за счет средств, собираемых в их пользу с подвластных территорий); обрела стройность система государственного управления через приказы — центральные органы исполнительной власти (Разрядный, Посольский, Стрелецкий, Челобитный и др.); было ограничено местничество (принцип занятия должностей по знатности происхождения); создано стрелецкое войско, вооруженное огнестрельным оружием; принято «Уложение о службе», укрепившее поместную дворянскую армию; изменен порядок налогообложения — установлена единица налогообложения («соха») и размер взимаемых с нее повинностей («тягло»), В 1551 г. церковный собор принял «Стоглав» — документ, регулировавший деятельность церкви и направленный на унификацию (установление единства) обрядов. Успех реформаторских усилий подкрепили внешнеполитические удачи. В 1552 г. было завоевано Казанское, а в 1556 г. — Астраханское ханство. В конце 50-х гг. признала свою зависимость Ногайская Орда. Существенный территориальный рост (почти в два раза), безопасность восточных границ, предпосылки для дальнейшего продвижения в Приуралье и Сибирь были важными достижениями Ивана IV и Избранной рады.
С конца 50-х гг., однако, отношение царя к планам своих советников и к ним лично изменилось. В 1560 г. охлаждение обрело форму вражды. О причинах можно только догадываться. Иван IV мечтал об истинном «самодержавстве», влияние и авторитет сподвижников, имевших и к тому же отстаивавших собственное мнение, его раздражали. Разногласия по вопросу о Ливонской войне стали последней каплей, переполнившей чашу: в 1558 г. была объявлена война Ливонскому ордену, владевшему прибалтийскими землями. Вначале все шло успешно, Орден распался, но его земли достались Литве, Польше и Швеции, с которыми России пришлось воевать до 1583 г. К середине 60-х гг. трудности начавшейся войны выявились со всей очевидностью, военная ситуация складывалась не в пользу России. В 1565 г. Иван Грозный выехал из Москвы в Александровскую слободу, потребовал казни изменников и объявил об учреждении особого удела — опричнины (от слова «опричь» — вне, кроме). Так началась новая эпоха в истории его царствования — кровавая и жестокая. Страну разделили на опричнину и земщину, с собственными Боярскими думами, столицами, войском. Власть, притом бесконтрольная, осталась при этом в руках Ивана Грозного. Важная черта опричнины — террор, обрушившийся и на древние боярские роды (князь Владимир Старицкий), и на духовенство (митрополит Филипп, архимандрит Герман), и на дворян, и на города (погром в Новгороде зимой 1569—1570 гг., террор в Москве летом 1570 г.). Летом 1571 г. крымский хан Девлет-Гирей сжег Москву: опричное войско, которое безумствовало в грабежах и разбое, проявило полную военную несостоятельность. На следующий год Иван Грозный отменил опричнину и даже запретил употреблять это слово впредь.
О причинах опричнины историки давно и ожесточенно спорят. Одни склонны видеть в ней воплощение бредовых фантазий душевнобольного царя, другие, укоряя Ивана IV за употребление неверных средств, высоко оценивают опричнину как форму борьбы с боярами, выступавшими против централизации, третьи восторгаются и средствами, и целями опричного террора. Скорее всего, опричнина была политикой террора, направленного на установление того, что сам Иван Грозный называл самодержавством. «А жаловать своих холопов мы всегда были вольны, вольны были и казнить», — писал он князю Курбскому, под холопами подразумевая подданных.
Последствия опричнины трагичны. Ливонская война, несмотря на отчаянные усилия царя, мужество воинов (например, во время обороны Пскова в 1581 г.), завершилась потерей всех завоеваний в Ливонии и Белоруссии (Ям-Запольское перемирие с Польшей 1582 г. и Плюсский мир со Швецией 1583 г.). Опричнина ослабила военную мощь России. Была разорена экономика страны, для удержания бежавших от насилия и невыносимых налогов крестьян были приняты законы о заповедных летах, отменявшие правило Юрьева дня и запрещавшие крестьянам менять своих хозяев. Убив собственноручно старшего сына, самодержец обрек страну на династический кризис, который наступил в 1598 г. после смерти его наследника царя Федора, взошедшего на отцовский престол в 1584 г. Смуту начала XVII в. считают отдаленным, но прямым следствием опричнины.