Экспрессия генов эукариот отличатся от прокариот. Уэукариот имеются три типа РНК-полимераз. РНК-полимераза1 катализирует транскрипцию рибосомальных генов. РНК-полимераза2 катализирует транскрипцию всех структурных генов. РНК-полимераза3 катализирует транскрипцию тРНК и 5S-рибосомальной РНК (катализирует образование мяРНК, присутствующие только у эукариот). Промоторный участок (промотор – участок присоединения РНК-полимеразы) у эукариот более длинный. Здесь три последовательности: одна проксимальная и две дистальные. В проксимальной основной мотив ТАТА. У эукариот это бокс Хогнеса-Гольдберга, у прокариот – прибнов бокс (ТАТААТ в проксимальном положении, ТТGАСА – в дистальном положении). Особенность дистальной последовательности заключается в том, что с одной стороны они имеют GC-основания и образуют шпильку посредством инвертированного повтора, и освобождается транскрибируемая нить РНК. Терминирующая последовательность содержит мотив ААУААА. Терминирующая последовательность расположена у конца, представленным поли-А. У эукариот любой ген представляет чередующиеся кодирующими и некодирующими последовательностями. Кодирующие – экзоны, некодирующие – интроны. Иногда внутри экзоны может быть встроен небольшой интрон. У эукариот встреча­ются усилители, узнаваемыми белками. Они могут быть расположены достаточно далеко от начала транскрипции. Усилитель и свя­занный с ним белок приближаются к участку связывания РНК-полимеразы с ДНК. Существуют "глушители", подавляющие транскрипцию. Активная транскрипция гена становится возможной после того, как на ДНК со­берется крупный белковый комплекс, включающий факторы транскрипции и РНК-поли­меразу. Пространственные структуры белковых факторов должны быть хорошо "подогнаны" друг к другу, обеспечивая работу гена, либо его выключение.