Различают два класса подвижных элементов: транспозоны и ретротранспозоны. Такая классификация основана на механизмах, с помощью которых перемещаются подвижные элементы. Транспозоны перемещаются с участием комплекса белков, обеспечивающего активность фермента транспозазы, которая узнает элемент и обеспечивает его перенос на новое место. Транспозоны ограничены с двух сторон инвертированными повторами, то есть последовательностями, направленными навстречу друг другу. Инвертированные повторы сближаются и точно отрезаются от соседних участков ДНК хозяина. Вырезанный транспозон внедряется в район вносимого транспозазой разрыва в молекуле-мишени и сшивается с ДНК хозяина в новом месте. Подвижность элементов становится возможной благодаря активности ферментов, которые способны точно вырезать элемент из хромосомы для того, чтобы затем вставить его в другое место генома. Брешь в ДНК, оставляемая после вырезания транспозона, может залечиваться с участием гомологичного участка, например сестринской молекулы ДНК. Ретротранспозоны не умеют вырезаться из хромосомы, как это делают транспозоны. Механизм их перемещения основан на реакции обратной транскрипции - синтеза нити ДНК на РНК. Химическая реакция протекает так же, как при образовании нити комплементарной ДНК на ДНК-матрице при репликации двухнитевой молекулы ДНК. Обратная транскрипция была обнаружена при изучении ретровирусов, содержащих РНК. Фермент, осуществляющий реакцию синтеза ДНК на РНК, называют обратной транскриптазой или ревертазой. Ревертаза ведет синтез нити ДНК на РНК и осуществляет синтез второй комплементарной нити ДНК, а РНК-матрица распадается и удаляется. Двухнитевая ДНК синтезируется в цитоплазме, а затем перемещается в ядро и может встроиться в геном, образуя провирус. Находясь в хромосоме, провирус наследуется в ряду поколений как обычный ген. Провирус ограничен длинными концевыми повторами (ДКП). Они необходимы для транскрипции провируса и его репликации (воспроизведения). Левый повтор содержит промотор, с которым взаимодействует РНК-полимераза, начинающая синтез. Синтезированная молекула РНК транслируется с образованием белков-ферментов, необходимых для синтеза ДНК провируса и его внедрения в геном. Для встраивания (интеграции) ДНК провируса необходим фермент интеграза, разрезающий ДНК-мишень. Может случиться, что в процессе обратной транскрипции и репликации ДНК в состав будущего провируса случайно попадет материал других клеточных генов. Ревертаза работает неточно. Если такая ошибочно скопированная последовательность попадет в состав провируса и в геном клетки, то это событие может привести к злокачественному перерождению клетки. Поэтому ретровирусы, несущие протоонкогены, опасны для клетки и организма. Ретротранспозоны распространены у эукариот, населяя геномы дрожжей, растений, насекомых, позвоночных и человека. Процесс синтеза ДНК при размножении ретротранспозона с участием ревертазы происходит в вирусоподобных частицах. Но частицы неинфекционны, т. к. большая часть ретротранспозонов не содержит гена, который кодирует белок оболочки вирусной частицы, обеспечивающей ее выход из клетки и способность к заражению других клеток. Ретротранспозоны представляют собой внутригеномные, неинфекционные элементы, способные к самовоспроизведению и "подзаражению" того же генома. Другой класс ретротранспозонов не несет длинных концевых повторов. Механизм внедрения осуществляется с помощью обратной транскрипции. К числу таких ретротранспозонов относятся представители семейства L1, населяющие геном человека.