Выделяют 2 отдела: фототрофные организмы и прокариоты, индеферентные к свету. Фототрофы включают 3 класса: 1) цианобактерии; 2) пурпурные фотобактерии; зеленые фотобактерии. Индеферентные к свету делят на 3 класса: 1) бактерии; 2) риккетсии (бактерии, размножающиеся как в вирусы, только в клетках хозяина) – облигатные паразиты; 3) микоплазмы – бактерии без клеточной оболочки.

Другая классификация делит царство прокариотов на 2 отдела: цианобактерии и собственно бактерии. Бактерии делят на 19 групп. 1) фототрофные бактерии – фотосинтезирующие бактерии со специфическим набором пигментов и особым фотосинтезом (несерные пурпурные, серные пурпурные и зеленые серные бактерии). 2) скользящие бактерии – миксобактерии (хеморганогетеротрофы) и цитофагалии (хеморганогетеротрофы, облигатные или факультативные анаэробы). 3) бактерии, образующие слизистую оболочку (аэробы, гетеротрофы). 4) почкующиеся или стебельковые бактерии. 5) спирохеты. 6) спиралевидные и изогнутые бактерии (спирюллум) и др.